Después del tercer viaje, subió Pablo a Jerusalén donde se alborotaron los judíos e hicieron que fuera apresado por los Romanos. Después de un cautiverio de dos años, él mismo apeló al César y fue llevado a Roma donde permaneció otros dos años en semi-libertad. Aprovechó estos años en predicar la fe. Absuelto por César volvió a Oriente y sufrió luego un segundo cautiverio.
Según las antiguas tradiciones de la Iglesia Romana, pasó nueve meses con San Pedro en el oscuro calabozo de la cárcel Mamertina. Sacado de allí, sufrió una última flagelación y, en su calidad de ciudadano romano, fue decapitado el mismo día que San Pedro era crucificado con la cabeza para abajo. Era el año 67.
San Pablo aparece como el gran evangelista de los paganos en la primitiva Iglesia; sin embargo no tendrá sucesor en su apostolado: él no es la piedra angular de la Iglesia. La piedra angular es Pedro y el Papa, sucesor de Pedro, será el jefe de la Iglesia, donde ha de mandar una cabeza visible, la del Vicario de Cristo.